对于计算机软件的程序代码，可通过申请计算机著作权登记的方式进行保护。计算机软件著作权保护的受理单位为国家版权局，申请人需要向国家版权局提交源程序代码，源程序代码文档包括前、后各连续30页的代码，每页代码不少于50行，如果整个源程序不足60页，则提交整个源程序文档。

计算机软件著作权作为一种著作权，属于登记性权利，申请人向版权局申请登记相应计算机软件后，便可使该著作权自动获得保护，软件著作权人享有发表权、开发者身份权、使用权、使用许可权和获得报酬权。但是，作者即使不进行登记，在其作品完成或发布之日，其依然可以自动取得相应著作权。不过为了避免在产生权利纠纷时无法准确确定权利归属以及权利产生日期，可以在完成之日将相应计算机软件或其他作品向版权局进行登记以获得著作权登记证书，以获得更稳妥的权利保障。

对于计算机软件的图形用户界面，可通过申请外观设计zhuanli的方式进行保护。我国过往对计算机软件图形用户界面的保护没有非常适用的知识产权法规，申请人往往仅能将图形用户界面中比较有特点的图形单独申请著作权，类似对艺术品的著作权保护。

但是，软件操作往往是一个动态的过程，随着移动软件的大规模普及以及多方面力量的推动，国家知识产权局于2014年对《zhuanli审查指南》中与图形用户界面相关的部分内容进行了修改，使之前不能获得外观zhuanli保护的动态的计算机软件图形用户界面在2014年5月1日之后可以申请外观设计zhuanli。

申请人应当至少提交一个状态的整体产品外观设计视图，对其余状态可仅提交关键帧的视图，所提交的视图应当能唯一确定动态图案中动画的变化趋势。需要注意的是，相应视图均需要以计算机显示器或手机等产品作为载体，即，上述获得外观设计zhuanli保护的产品依然为带有特定图形用户界面的计算机显示器或手机等。